Sementara itu, Gereja Santo Yusuf Pekerja bertambah tua dan keadaannya memprihatinkan. Kondisi yang memprihatinkan itu menganggu kekhidmatan umat dalam beribadat. Pada tanggal 7 Mei 1994 bertepatan dengan ulang tahun Gereja St. Yusuf Pekerja ke 13 dan waktu itu status Stasi Condongcatur sudash berubah menjadi Kuasi Paroki. Tahun 1996, mulai dipikirkan renovasi total gedung Gereja. Usaha renovasi total ini belum dapat berhasil hingga status Kuasi Paroki menjadi Paroki Santo Petrus dan Paulus Minomartani. Pada tanggal 1 Agustus 1998 (SK no. 516/B/I/98). Jumlah umat pada akhir Tahun 1998 sebanyak 2689 jiwa.
Perkembangan selanjutnya, usaha renovasi berubah menjadi pembangunan kembali Gereja secara total. Perubahan ini terjadi pada tahun 2001. Usaha yang terus menerus dan penuh kesabaran dilakukan oleh Panitia Renovasi Gereja, Heribertus Yusuf Ponidjan dan kawan-kawan untuk merealisasikan pembangunan kembali Gereja Santo Yusuf Pekerja. Pembangunan kembali secara total dimulai pertengahan tahun 2004 dan selesai awal tahun 2005. Pada tanggal 30 April 2005 Gereja Santo Yusuf Pekerja yang baru diresmikan oleh Bupati Sleman kala itu Drs. H. Ibnu Subianto, Akt. Selain itu diberkati juga oleh Monsigneour Ignatius Suharyo Pr, Uskup Agung Semarang.
(Sumber : PPDP Paroki Minomartani)
